Los ortodoxos no reconocen en el Pontífice, obispo de Roma y sucesor de Pedro, al jefe de toda la cristiandad. Es más, lo consideran cismático respecto a la justa fe (en griego, ortodoxia).

- La estructura sinodal de la Iglesia:

En las Iglesias ortodoxas la Suprema autoridad decisoria es el Sínodo de los obispos; por lo tanto un órgano colegial. La Iglesia católica, en cambio, tiene una estructura primacial, donde hay una autoridad singular que decide (el Papa a nivel supremo, el obispo a un nivel inferior).

- La disciplina del matrimonio:

Para la Iglesia católica el matrimonio es indisoluble; por lo tanto, no están admitidas segundas nupcias (excepto los casos en los que el primer matrimonio es anulado). Para los ortodoxos en algunos casos (como el abandono por parte del cónyuge) es posible volverse a casar, aunque sea en una forma menos solemne.

- Espíritu Santo:

En la formulación del Credo, para los católicos el Espíritu Santo procede del Padre y del Hijo, mientras para los ortodoxos procede sólo del Padre: como consecuencia hay una diversa concepción de la Trinidad.

Los ortodoxos no reconocen los dogmas católicos formulados después del cisma de 1504: la Inmaculada Concepción, la infalibilidad del Papa, la Asunción de María. El verdadero escollo es la infalibilidad papal, mientras que para el culto mariano es sólo un problema de formulación dogmática.

- El celibato sacerdotal:

Los sacerdotes católicos no pueden casarse (con excepción de los sacerdotes de la Iglesias católicas de rito griego), mientras los sacerdotes ortodoxos pueden tener mujer.

- La Liturgia:

Los ortodoxos acceden a la Comunión también con el cáliz, mientras para los católicos el cáliz está reservado generalmente sólo para ocasiones especiales.