Cuando el Santo Padre dio la indicación a sus colaboradores de hacerle llegar ese primer mensaje al Presidente Bush, les dijo que, por el momento, ese telegrama y la oración eran los únicos medios con los que podía manifestar al pueblo de Estados Unidos su dolor. Más tarde, con más calma, cuando la situación fuera más clara, ya buscaría otra manera para transmitir su cercanía. Poco después, el cardenal Angelo Sodano, Secretario de Estado del Vaticano, anunciaba ante los micrófonos de Radio Vaticano que todas las personas que trabajan en la Santa Sede estaban «de luto por las muertes de esta absurda tragedia».

Al mismo tiempo, exigió que «este increíble y desesperado acto lleve a todos a reflexionar sobre la naturaleza inhumana y anticristiana de la violencia, de toda la violencia, que no conduce a nada». El primer medio de comunicación de la Santa Sede en dar la noticia fue Radio Vaticano. El director de Programas, el padre jesuita italiano Federico Lombardi, hizo llegar a todos los estadounidenses, que en ese momento estaban sintonizados (habían pasado las 6 de la tarde), «inmensa piedad y oración a Dios por las innumerables víctimas inocentes; solidaridad con todas las personas heridas; condena firme de las intenciones diabólicamente homicidas; invitación a reaccionar con firmeza y a seguir buscando siempre los caminos de la paz entre los pueblos».

«No hay palabras capaces de expresar el horror por los atentados que tuvieron lugar el pasado martes en Estados Unidos, sin duda los más horribles de nuestra época -añadió el padre Lombardi-. Miles, quizá decenas de miles de personas humanas asesinadas en el ataque contra el lugar símbolo del poder económico y militar del país más poderoso del mundo. En estos momentos, que ya de por sí se caracterizan por una gran preocupación por la paz mundial, se produce un acto homicida de una gravedad imposible de describir, que arroja al mundo en la desorientación y el miedo».

Llamar a Estados Unidos por teléfono en ese momento era prácticamente imposible. Las personas que trabajan en la Santa Sede trataron de ponerse en contacto con los cardenales, obispos y sacerdotes de Estados Unidos que viven o estudian en Roma, para garantizarles su apoyo y pedirles noticias. Éstos, a su vez, pasaron horas de angustia, en parte incomunicados. Lo primero que hicieron fue organizar encuentros de oración para la noche de ese mismo martes. «Obviamente, aquí todos estamos conmocionados», declaraba monseñor Steven Raica, superior de la Casa Santa María, residencia de los sacerdotes de Estados Unidos que viven en Roma. En su comunidad, convocó una hora eucarística, a la que se sumaron espontáneamente todas las personas que pasaron por el centro, y dispuso de un servicio de ayuda y de seguridad al servicio de los estudiantes y de los superiores, que no podían llamar a sus casas.